工作不到三个月扣除1000元违约金合法吗

不合法，违约金扣除需遵循公平原则。依据《劳动合同法》，违约金设定应合理，扣除1000元若未遵循此原则，则可能违法。不及时处理可能导致劳动者权益受损，引发劳动争议。
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处理此问题可协商、投诉或仲裁。建议先与用人单位协商，协商无果可向劳动监察部门投诉，或提起劳动仲裁维护权益。选择方式需根据具体情况和证据充足程度决定。
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不合法。处理方式：1. 与用人单位沟通，要求解释扣款原因并提供依据；2. 若沟通无果，收集证据向劳动监察大队投诉；3. 投诉未解决，可申请劳动仲裁，要求返还违约金并赔偿损失。具体操作需根据实际情况灵活调整。